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L'aquarium dépend directement du service "Aquariologie" de l'Observatoire. Ce service a pour mission : - La participation aux activités de l'UCA (Union des Conservateurs d'Aquariums) et de l'EUAC (European Union of Aquarium Curators)
- Le soutien à la recherche par la maintenance et l'élevage d'espèces modèles pour les chercheurs de l'Observatoire mais également pour des chercheurs d'autres institutions françaises ou étrangères.
- Le développement de programmes de reproduction d'espèces sensibles et / ou menacées (Hippocampes, Coraux).
- La collaboration avec la Réserve Marine de Cerbère-Banyuls et l'Agence des Aires Marines Protégées pour réaliser par exemple des inventaires d'espèces sensibles en plongée.